С точки зрения последующего развития национальной ОС эффективнее было бы использовать несколько конкурирующих дистрибутивов. Основа у всех Линуксов всё равно одинаковая. А гос. заказ делать на конкретные приложения. Например, такая то база данных для таких то нужд.
И ещё очень важный момент. Нельзя при эксплуатации национальной ОС использовать несвободные форматы данных. Только исключение из документооборота в бюджетных учреждениях и ОГВ проприетарных форматов приведет к массовому и добровольному внедрению своей ОС. С точки зрения безопасности, стоит отметить такой нюанс, как наличие закрытой служебной информации в документе, набранном, например, с помощью того же микрософтовского текстового редактора. Для документов государственного уровня вряд ли это допустимо.