Неплохо было бы воспользоваться очередным рейсом на МКС 14ноября и прихватить в грузовой отсек беспилотник для управления падением "Фобос-грунта". Новый экипаж прилетит на станцию, разгрузит "Союз", выставит беспилотник наружу и запустит его в сторону "Фобоса". Далее управление его может быть автопилотом или дистанционно, откуда удобнее. Беспилотник подлетит к аппарату и прикрепится к нему хомутом (петлёй, поясом) или молекулярным клеем. Во время падения аппарата будет корректировать при помощи своего двигателем траекторию падения в океан.
Вариант второй, сложный: беспилотник несёт в себе систему дистанционного управления, состыковывается с контрольным разъёмом, крепится, начинает выполнять роль приёмо-передающей антенны и запасного аккумулятора. С Земли поступают команды управления по программе запуска к Марсу.
Вообще надо автоматику дублировать дистанционным управлением через блок телеметрии на всех аппаратах. Тогда надёжность управления возрастёт в 2раза. На пилотируемых то автопилот дублируется человеком, правда изнутри.