Думаю, провести второй ЕГЭ в вузах со своими вариантами менее накладно, чем держать не готовых к высшему образованию целый семестр, потом выгонять, и второй семестр вузы будут полупустыми. Да, кроме индивидуальных вариантов в каждом учреждении, нужно проводить второй ЕГЭ при поступлении.