С уплатой НДФЛ надо сделать всё так, чтобы было правильно. Либо назначайте плательщиками физических лиц, которые сами будут отчислять через банк суммы налога и подавать декларации, либо разбирайтесь сами с работодателями. Нечего на нас перекладывать то, что мы не в силах преодолеть.
Но имейте в виду, если сделаете плательщиками физических лиц, то должна быть возможность удаленной подачи налоговых деклараций через интернет. Возможность удаленной оплаты уже имеется. Иначе налоговые инспекции захлебнутся в очередях.
Тут также надо учесть, что в этом случае отвечать по закону уже будут физические лица по всем основаниям, но и воевать также придется с ними. Если есть решимость и желание навести порядок в этой сфере, то вперед. Но опять же, сделайте все правильно. Работник не может отвечать за работодателя!